《异化少女》的创意来自巴啦啦小魔仙，讲的是一位普通少女，意外接触天外异化生物，对抗作恶不断的黑魔仙的故事。

前作的剧情，结束于小樱摧毁黑魔仙老巢，死而复生大战三足黑乌鸦，最终取得胜利。

而本作的故事，也由此展开。

《异化少女2》的主角依旧是小樱，只不过换了一名年轻演员。

她是一名高中生！

摧毁黑魔仙老巢，拯救世界之后。她选择回到了校园，过着平凡而充实的生活。

直到一次实验开始！

小樱大战三足黑鸦时，被人采集到了“异化细胞”。渴望“长生不死”与“超能力”的财阀们，秘密展开了对“异化细胞”的研究。

实验可以说成功了！

他们绑架了一群青春少女，强行植入“改良后”的异化细胞，令她们变异获得了超乎想象的生命力。

但强大的生命力，也代表着强大的破坏力。失去控制的“变异少女”，毁灭了实验室……

实验失控，失去“人性”的变异少女，为了发展同伴，利用改良后的异化细胞袭击人类。

故事起源于小樱就读的“光之森”中学，一起离奇的失踪案……

小樱的同桌男生，刚交往不到三天的女友突然生病请假，已经连续一周没有来上学了。

他决定去调查一二！

作为好朋友，小樱不放心决定陪他一起去这位女生家里拜访。