之后郑森便指挥船队开始炮击岸边的炮台，接连摧毁了数座荷兰人在海边的炮台，进而令船队靠近海岸，开始对巴达维亚城进行了长达一昼夜的猛烈炮击。

巴达维亚城只能在大中军舰炮的炮火之中战栗，城内的荷兰人各个都心惊胆战，惶惶如同丧家之犬一般。

最终实在是经受不起大中军舰队的猛烈炮击，巴达维亚总督居然决定投降，派人打出白旗走到海边，要求和大中军舰队指挥官进行谈判。

郑森本来是没有想到要攻占巴达维亚的，他率领舰队过来，主要目的是对荷兰人进行惩戒，使之今后不敢再动马六甲海峡的主意，但是没成想荷兰人居然这么不耐揍，一通炮击居然便打出了白旗。

这个时候郑森率领的船队其实已经是外强中干了，他们先是进行了一场大规模的海战，接着炮击码头和炮台，进而又炮击巴达维亚城，船上所携带的弹药其实已经告罄，本来郑森已经准备下令掉头返回巴淡港补充弹药了，可是没成想在这个时候，荷兰人居然打出白旗投降了！

这一下郑森可就高兴坏了，当即下令停止撤离行动，派出船只赶回巴淡港招呼那里的商船立即朝巴达维亚港运送弹药补给，而他则率领船队抛锚在港口外面，继续摆出一副不投降就继续炮击的架势。

然后郑森派出小船将巴达维亚总督接到了他的旗舰上面，双方随即展开了一场谈判，巴达维亚总督可不知道这个年轻的中国船队司令官，是擅自行动的，于是便请郑森提出条件。

郑森思量之后，于是便贸然提出，令荷兰人撤出巴达维亚，将巴达维亚交给大中朝，并且令荷兰人承认马六甲王国的地位，同时还要将荷兰人夺自葡萄牙人之手的婆罗洲也交出来。

巴达维亚总督无奈之下，只能答应了郑森的要求，但是他提出来，他们可以撤走，但是要求大中朝准许他们在巴达维亚保留一个商馆，作为他们在这一带的商业贸易场所，同时请郑森允许他们修好船之后，再离开这里，否则的话他们是无法乘坐这些被打烂的破船驶回到他们在印度的加勒的。

郑森没想到荷兰人答应的这么痛快，于是当即也答应了荷兰人的请求，准许荷兰人修理船只之后再撤离巴达维亚城。

至此荷兰人的东印度公司，在经历了台湾之战和廖内海战以及巴达维亚港之战之后，公司旗下拥有的四十多条战船，和一百五十多条武装货船，基本上已经损失了一大半，实质上已经濒临破产，早已无力再在南海和大中朝进行对抗了。

而这个时候荷兰人虽然海上实力还很强大，但是荷兰人在这段时间，和英国人之间正在大西洋上争夺霸权，即便是知道了东印度公司的事情，也无力抽出更多的战船，来亚洲和大中朝交战。

所以郑森误打误撞之下，居然一下便将荷兰东印度公司，从南洋一带清除了出去，赶回到了锡兰的加勒，彻底控制住了南中国海。

但是郑森毕竟不是按照原定计划行动的，虽然取得了大胜，但是他手头上却没有多少可以占领巴达维亚的军队，他总不能把船上的水兵都全部调到陆上去，对巴达维亚进行占领吧！

在谈判结束之后，他一边让各船先抽调三分之一的水兵登陆，组成接受军，接管巴达维亚城重要的地点，一边赶忙派人赶往马六甲和巴淡港调那里的陆师守军，来帮忙接收巴达维亚。

另外他也想起来，这次他把事情闹大了，国内还不知道这边发生的事情，于是又连忙派快船返回国内通知朝廷这边的情况，请朝廷立即派兵增援，来接管荷兰人在婆罗洲和爪哇一带的城堡村镇，建立这边的统治。