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在讲述命运石之门的故事之前，首先要了解的一点，这个世界并没有所谓平行世界的概念，虽然它有很多条世界线，但就像列车的车轨一样，名为“世界”的这辆列车，无论何时都只能行驶在一条车轨上。

当世界选择了其中一条世界线，那么其余的世界线都会消失，所有发生过的事情也会变得不存在，只有少部分人会得到类似于既视感的记忆。

而作为男主角的冈部伦太郎则是其中最特殊的例外，只有他可以完整的保留其他世界线的记忆，当然，相对的，他会失去当前世界线的一部分线记忆。

比如冈部伦太郎从a世界线跳到b世界线，他能拥有a世界线的所有记忆，但是对于b世界线的自己到底做过些什么，只能从他人的口述中得知。

冈部伦太郎将自己的这个能力命名为——命运探知魔眼。

然后故事的开始是从牧濑红莉栖到日本讲座开始，在那一天她和冈部伦太郎相遇，也是在那一天她死去，而遇见这个结果的冈部向自己的朋友发送了一条短信，然后因为这条短信被sern这个组织捕捉到，导致世界走向另一条名为“α”的世界线。

在这条世界线里，红莉栖还活着，但代价却是椎名真由理的死亡，并且由于sern获得了时间机器的技术，导致整个世界走向反乌托邦的未来。

为了拯救自己的青梅竹马，得到红莉栖和来自未来的铃羽的帮助下，冈部一次又一次的跳跃时间线，只为了回到那条真由理不会死亡的世界线，然而，当成功就摆在眼前之时，一个残酷的现实出现了——在那条真由理活着的世界线中，红莉栖会死。

一个是妹妹般的青梅竹马，一个是天降女友，无论如何都无法进行选择。

最终，是红莉栖的自我牺牲，促使了冈部的选择。

然后，冈部顺利的回到了那条真由理还活着的β世界线，但在这个世界，红莉栖已经死去多日，最残酷的是，两人甚至未曾有过任何的接触，那段两人相知相遇、为了寻找一个美好的未来而共同奋斗的经历，在这里，根本不曾发生过。

至此，名为凤凰院凶真的疯狂科学家死去了，只留下心如死灰的冈部伦太郎。

直到数天后，这条世界线的未来战士铃羽打来电话。

在那条α世界线里，红莉栖被sern控制，强行逼迫她制造时间机器，也因此她被称为时间机器之母。而在如今的这条β世界线里，她同样有着制造时间机器的能力，甚至因为她的死亡，使得这份资料落在其他国家手中，然后各国开始争抢时间机器，致使第三次世界大战的爆发，数十亿人的死亡。

铃羽从未来回来，就是为了避免第三次世界大战的爆发，而拯救未来的契机，就是保证牧濑红莉栖的存活。