崇祯八年，高迎祥、张献忠两支叛军攻下中都凤阳，掘了皇帝的祖陵。崇祯皇帝得知后极度悲痛，一怒之下将未及时救援的漕运都御史杨一鹏杀头弃市。然后换上素服祭告太庙，躲在武英殿里不出来。大臣们都不敢说话，但又觉得事关重大，皇帝应该对事件有一個交代。于是陈子壮上疏，“人家丘陇，有伤一抔一树，未有隐忍而不发者”，事关皇家祖陵之变，不可随人俯仰，皇帝宜下“罪己诏”，得到了崇祯的采纳。陈子壮又针对时政提出了十二条建议，皇帝采纳了十条，这让他得到了鼓励并引以为荣。

然而命运馈赠的礼物，早已在暗中标好了价格，也是在这一年的正月，崇祯下旨要求凡宗室子孙，有文武才能而堪任用者，宗人府可列举名字上报，经朝廷考验可授以官职。崇祯的做法明显是对在他视野之内的既有官员不满的表现。但这个举措违背了朱元璋定下的宗室“只能受封不能授官”的祖制。陈子壮再三思索，与好友同僚斟酌后，三易其稿，终于呈上了一份反对的奏章给皇帝。结果此事被唐王知晓，在崇祯面前弹劾陈子壮，于是崇祯以“非祖间亲，欺罔恣肆”将其下狱。

刑部大牢里，与陈子壮同时被囚的官员共六十六名，除他之外的部级官员还有二十三人，包括那位在陕西车厢峡误信李自成诈降，使得农民军死而复生的五省兵马总督陈奇瑜。最后幸得众多同僚及皇太后求情，陈子壮才被释放，罢官遣返。

陈子壮在京城前门痛哭叩首，告别了皇帝，登上驴背，出潞河登舟南返，写下了《潞河感述》：

夹道看人叱短驴，青门杨柳肯萧疏？

开笼宠过乘轩鹤，得水欢深涸辙鱼。

天外先驰生入梦，匣中教卷未焚书。

兴公不为轻饶舌，那得寻君赋遂初。

谁想他还未到家，便听说髡贼已经占领了广州城。若是他此时返回京城，说不定缺兵少将的崇祯皇帝会任命他一个南赣总督之类的职务，调动数省兵马协助熊文灿剿灭髡贼。但他心忧母亲，于是快马加鞭赶在髡贼封锁关隘之前回到了广州。

这种世事不随自己的意愿而改变的无力感令陈子壮颇感沮丧，他想筑云淙别业，其实也另有苦心，一以祈母寿，一以耗壮心。

“陵谷流迁非我事，笑啼淡荡逐人场。”离京时的人生感悟，他至今仍记忆犹新。他自己也想借这青灯古佛，收拾心情。

“母亲教训的是，儿子定不辱家风，誓与那髡贼周旋到底，复我大明江山。”陈子壮答得恭敬，实则内心颇为迷茫。

“大哥，你可还记得我与你提起过的奇男子岩野先生？”说话的是刚刚搀扶朱老太太的年轻人，陈子壮的胞弟陈子升，与他年龄相差十九岁。