朝会上，经过众人商议后，朱慈烺下达了一系列政令：

一、设立隔离区域，控制瘟疫传播。

朱慈烺下令封锁长江，禁止北方人员南下，同时对靠近长江的各府州县进行封城、封路，各关隘路口以军队防守。

朱慈烺治下的江南数省之地，早已恢复加强了里甲制，在层层的监控下，可以轻易发现患病之人，然后强制措施进行隔离。

明朝不如后世，人口流动有限，一地死绝都扩散不广，鼠疫是从北方传过来的，只要执行得力，做好防护，江南数省应该不会成为重灾区。

然而北方数省，里甲制早已崩坏，多是乡绅自治的局面，若想隐瞒太容易了，这让朱慈烺颇为头疼。

二、全面灭鼠，加强各地卫生管理，不可随便放置垃圾，但凡弃灰于道者，便被处以罚款或杖刑，衣冠不整面容不洁者同样有处罚！

三、消毒处理，预防瘟疫扩散传播，在各地使用醋或者石灰进行处理，凡入城者，其乘车和马具均需经过火燎烟熏以消毒防疫。

四、针对患者运用草药、针灸等手段积极诊疗。

根据吴又可的研究发现：一般鼠疫潜伏期大概是二到八天，起病急骤，有明显的畏寒、发烧，还有其他毒血症的症状，只要措施得当也能有效控制疫情。

但如果是败血性鼠疫来说，潜伏期的时间更短，一般几个小时就可能病发！

在一系列的操作下，防疫治瘟诸事进行顺利。

然而疫情仍然来势凶猛，远比想象的要厉害，一月时间，各地呈报上来的死亡人数触目惊心。

临近长江的安庆府和庐州府相继被鼠疫攻陷，庐州府每天死亡人数高达三百多人，民有绝户，繁华大街如同静夜，无人行走。

不止南直隶，浙江、山东、北直隶，感者尤多，或至阖门传染，且传播速度非常迅速！

经过锦衣卫的暗访调查，加上当地衙门反馈的情况来看，导致疫情泛滥的原因最主要的是隔离困难。