十月初二，天顺帝朱祁镛下令军机处，组建四个和六部平级的新部门，

其一是，宗教部，

由礼部下面的僧录司、道录司?，改组建而成！

负责统一管理全国的道教、儒教、佛教、西洋天主教等教派。

同时负责收录各教派经典文学语录，为科举用书《大明新语》一书的编写提供素材。

由内阁阁臣工部尚书高谷，

转任宗教部，担任宗教部部长，为正二品，

升工部左侍郎王竑，为工部尚书，负责工部。

同时，命新科状元张釴，榜眼柯潜，两人佐之。

其二是，理藩院

由鸿胪寺?、提督四夷馆，组建而成。

理藩院负责人称为“管理院务大臣”，正二品，

由军机大臣吏部尚书王直，转任为理藩院大臣，原吏部左侍郎李贤升为吏部尚书，负责吏部。

同时提拔新科探花刘升，进士马文升，余子俊，三人佐之，

理藩院可以直接管理蒙古，辽东，西藏，新疆，陕西，云南，贵州，四川，广西，湖广九省之地，大明设置的各民族宣慰司，

对于各地宣慰司的行政建置、官员任免、立法、司法等等，拥有全权；

各地的宣慰司长官，都要向理藩院述职。

其三，是科学院，

主要负责研发，创新新技术，

同时负责科技发展规划编制、科研项目管理与实施、科技成果转化与奖励、科研平台建设与管理、产学研合作、知识产权管理、人才培养与交流、质量管理体系建设、科研保密管理、科普宣传等方面的工作。

由内阁阁臣刑部尚书陈循，

转任科学院，担任科学院院长，为正二品，

升刑部左侍郎江渊，为刑部尚书，负责刑部。

同时升原工部下面营缮所正九品的所丞蒯富，为科学院正三品左侍郎，具体负责。

现工部侍郎黎叔林，兼任科学院右侍郎，

共同管理科学院，以培养科技人才！

任命新科进士蒯祥，佐之！

其四，是发改部，

现主要负责大明的税制改革，

天津港、青岛港两地港口和船舶司的建设，

关税、商税的征收，

北方之地人丁、田亩的统计丈量，

西北马政、马市的开设等工作。