其中非常重要的一点就是人体实验，这一向是三代火影无论如何也没有办法接受的事实。

三代火影并不是反对进行人体实验，他只是认为人体实验会让一个人变得就连他自己都不认识他自己，就像是二代火影千手扉间的中年时期，三代火影甚至都有些不敢认识自己的老师。一样他也不觉得自己的弟子大蛇丸能够摆脱这种影响。

毕竟就连自己的老师二代火影千手水晶都受到了这种影响，他自然不认为自己的学生拥有着比自己的老师还要坚定的定力。

面对着二代火影千手扉间的选择，作为学生的三代火影只能够选择支持二代火影。

但是大蛇丸不一样，三代火影是大蛇丸的老师，他有权利向着自己的学生提出建议，只不过到了最后大蛇丸也没有同意三代火影的建议，两个人之间的对话到了那个时候基本上已经挑明了。

最后四代火影成为新一代的领军级别的忍者波风水门，大蛇丸也就成为了根部的关于柱间细胞方面研究的首席顾问。

就这样子三代火影和大蛇丸尽可能地表明了彼此之间的决定，同时也能尽可能的保持彼此之间的关系，只不过这种关系最后还是破碎了，因为有人开始举报大蛇丸拿着村子里面的同伴进行人体实验。

这种风声来得不明不白的，就好像是当初白牙受到冷暴力并且被迫自杀的时候那样子的表现是一模一样的，三代第一时间就发现了不对，他也知道了大蛇丸和自己的另一个老朋友之间的合作恐怕已经破碎了。

不过当时的情况已经把三代火影逼到了风口浪尖上，他不得不派出暗部忍者去调查大蛇丸的实验室。

那时他的心里面无比的盼望这个消息是假的，他也无比的盼望自己能够找到志村团藏诬陷自己弟子的证据。

但是当三代火影来到了大蛇丸的实验室，最终大蛇丸亲口承认自己开始拿村子里面的人进行人体实验的时候，三代火影的整个心都凉了。

他知道自己虽然说想尽了一切办法让自己的弟子避免这样的错误，但是自己对于自己弟子的教导实在是太宽容一些。而且自己的那一个老朋友也确实是投其所好，让大蛇丸根本就没有办法拒绝。