可是，他们还没走多远，就接到了一个令人震惊的消息......

船队在海上遭遇了极其猛烈的风暴，整个船队都葬身在风暴之中，崇祯皇帝不幸遇难。

很快，这个消息的真实性就被确认！

当地的渔民在海上发现了几名幸存者，他们是随崇祯皇帝出海的水手，在遭遇风暴之时，他们的船被风浪击毁落水，随后在海上漂流了数日之久。

在机缘巧合之下，他们被海浪冲到了一个偏僻的小岛之上，当他们被人救下来的时候，已经是奄奄一息，生命垂危。

史可法亲自接见了这几名水手，经过仔细询问和确认，最终确定了这个消息的准确性。

崇祯皇帝既已身亡，他的三个儿子又下落不明。至此，大明北京朝廷可以说是全部覆亡。而作为留都的南京，自然而然地就成为了剩下的这半壁江山的政治中心。

到了这个时候，立君之事便成为了当务之急。既然崇祯的三个儿子都没有成功逃出，那藩王们便成为了皇位的最有力争夺者。而在众多藩王之中，福王朱由崧、潞王朱常淓、桂王朱常瀛各有支持者。

可就在这个关键的时刻，史可法又犯下了左右摇摆，优柔寡断的错误，就在他设想出这种方案拥立桂王朱常瀛的时候，马士英却已经果断决定联合高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王朱由崧，并且亲自带兵护送福王直抵浦口，至此史可法别无选择，只能接受这个事实。

崇祯十七年四月二十九日，福王朱由崧在史可法的陪同之下，由浦口乘舟抵达南京城外的燕子矶。南京的官绅们纷纷前往朝见。

五月初一日，朱由崧登上岸边，首先拜谒孝陵，然后从朝阳门进城，驻于内守备府。初三日，朱由崧在南京就任监国之位，用黄金铸造监国宝，向天下颁布谕旨。

就任监国之后，朱由崧依照廷臣的会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事。

史可法虽然进入内阁，但是他由于之前在定策问题上的犹豫不决，导致朱由崧不得不向武将求助，而高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清这些以败军之将的身份，却坐收定策之功。这一局面导致军阀操纵朝廷的情况已然形成，这也是历史上南明弘光朝廷很快覆灭的最根本原因。