朱由检下旨“勘查”袁崇焕罪状，内阁票拟：袁崇焕擅自处死毛文龙，与后金谈判，导致敌军进犯，是欺藐君父、失误封疆的大罪。

为慎重计，已经下定决心的朱由检在乾清宫暖阁召见内阁大臣，商议处决袁崇焕之事。随即又在平台召见内阁、五府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、六科以及锦衣卫堂上官，共同商议对袁崇焕的处决事宜。

朱由检道：“袁崇焕辜负朕的托付，一味欺骗隐瞒，为了与后金谈判，而处死毛文龙，纵敌长驱直入，顿兵不战，遣散四处勤王援军，种种罪恶，不可胜数。”然后用询问的口吻问道：“三法司如何判决？”

“依律磔之！”

所谓“磔”，就是凌迟处死，即寸寸脔割至死，俗称千刀万剐。

朱由检又道：“众卿以为如何？

周延儒带头道：“袁崇焕的罪实在不可宽恕。”

既然大家意见如此一致，朱由检立即命令刑部侍郎涂国鼎前往监督行刑。并说道：“诸臣欺罔蒙蔽，从无一份奏疏揭发奸恶，你们都应当洗心涤虑，多为国家考虑。”

袁崇焕妻妾子女及兄弟流放至二千里以外，其余人等不加追究。[ 超多好]

大小臣等连忙叩头引罪。

行刑那天，场面空前热烈。

有人说：崇焕无子，家亦无余资，天下冤之。这个冤，至今也是热门，不过如果没有金庸先生杜撰的“袁承志”，又会有多少人还记得袁崇焕呢？

不管怎么样，当时的情景确实和冤案一点相似之处都没有，没有人喊冤，只有万人拍手称快。