1990年11月，梅杰接替撒切尔夫人出任首相一职，也得到了他的大力帮助，而且梅杰与彭定康交情甚好，因此他上任后随即聘任彭定康为兰卡斯特公爵领地总裁兼保守党主席。在彭定康的筹划下，保守党得以在1992年英国大选中意外地胜出。

但极具讽刺意味的是，彭定康本人却被自由民主党候选人击败，丧失了巴斯选区的下议院议席，由此退出了下议院。

梅杰后来在表示，如果彭定康能保住议席的话，将有机会出任财相或外相。

不过，出于对彭定康的补偿，在梅杰的安排下，彭定康在1992年7月9日正式出任第28任港督。

1992年，48岁的彭定康被派往港岛担任末代总督。

在港岛的最后5年里，彭定康多生事端，使原本能平稳过渡的香港陡生波折，当时即有人说，彭定康是英国政府派驻香港的“搅局者”。

彭定康上任后不久便与大陆陷入恶劣的关系，他表示即将改革立法局的选举制度，除了要两局分家，取消所有委任议席，还要新增九个功能组别议席（新九组），使所有在职人士都有资格投票（变相使这九个议席成为直选议席），以加快港岛的民主步伐。

但大陆随即表示了非常不满，指出改革未曾咨询中央意见，并声言将在港岛主权移交后取消有关改革。

彭定康并不理会大陆的态度，一意孤行，大有死硬到底的觉悟，这让高层非常震怒。

叶开此时看着报纸，就发现大陆媒体这边儿，几乎是千篇一律地斥责彭定康是“毒蛇”、“小偷”、“娼妓”以及为民主派跳“最后的探戈”，大陆驻港代表更斥责彭定康是“千古罪人”。

除了改革立法局选举，彭定康在任内首份施政报告提议推行富争议性的策略性排污计划，即净化海港计划的前身。

策略性排污计划原本打算收集本港污水到昂船洲作中央处理，然后再以深海管道排放出大海。工程原定在1997年4月完成，但因为技术问题和承建商烂尾而一再拖延，迟至1997年方才展开第一期工程，第一期工程在2001年完成，政府耗费高达八十三亿。由于工程被批评为浪费金钱和非必要，第二期工程在1999年10月被宣布暂缓执行。

为落实策略性排污计划，立法局曾在1994年通过在财政储备中拨出六十八亿，成立污水处理营运基金，并计划向工商业收取排污费以支付第二期工程。但实行两年后，营运基金已亏损达五十亿元，政府迫于无奈下在1998年3月31日结束基金，并改由政府补贴。

大陆对于彭定康的不满，还有一项，就是“玫瑰园计划”。

港岛以往唯一的民用启德机场早在七十年代已开始不敷应用，后来由于出现了前途问题，所以新机场的问题一直没有上马。