登莱巡抚陶朗先为贯彻袁崇焕的前任，同样被皇上下令杀害的前辽东经略熊廷弼的灭後金战略，从後面牵制後金，并伺机反攻、收复辽阳，“仅三个月，组成水陆师三万，集马万匹、甲杖火器二百余万、战船二千余艘”。可陶朗先就说毛文龙“其在镇江者，兵单将寡，倘倏覆，不惟不足助河西章制之势，而徒启贼人防备南路之谋，致殄四卫归附之众。”
兵科右给事中薛国观也指出：“今岁正月，敌倾巢入犯，虽稍挫凶锋，而攻围屠掠逍遥内地者直二十余日，迨班师而东，操演沈阳，复图再至，文龙一似不知有牵制者。”工科给事中潘士闻甚至指劾毛文龙：“故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池而可以言智；敌来深慝穷岛，敌去仍言牵制而可以言勇。”
兵科给事中李迂知也说：“毛弁潜入虎穴，恢复镇江，图之此其时矣。而道臣杨帆未早，朝鲜联络未成，江淮召募未旋，水兵望洋未渡，千里孤悬，鞭难及腹。不数日，奴大屠镇江男妇，烧毁房屋几尽，而文龙逃朝鲜去矣。发之早，不得不应，又不能卒应，损威招衅至此。”
工科给事中潘士闻甚至指劾毛文龙：“故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池而可以言智；敌来深慝穷岛，敌去仍言牵制而可以言勇。”
山东总兵杨国栋在其疏劾毛文龙时所列的十大罪状中的第一、第二条就是“一、专阃海外八年，靡费钱粮无算。今日言恢复，明日言捣巢，试问所恢复者何地？所捣者谁巢？二、设毛文龙于海外，原为牵制，不敢西向，数次过河，屡犯宁锦，全不知觅，牵制安在？”
紧邻毛文龙、且掩护过毛文龙免於後金捕杀的，效忠大明、起过牵制後金作用的朝鲜，也有类似证言。朝鲜备边司议证实：“毛将所为，不思甚矣。贼冲宣川，不过数百骑，曾不能发一支箭，骈首就戮，有同群羊之见猛虎，其无胆勇，据此可想。为今计莫若藏踪秘迹，使虏不得窥觇去留。”亲自去过毛文龙营地的柳公亮向朝鲜国王李倧说：“以其兵力观之，似无剿胡之势。张晚去时结阵以见之，而军皆疲劣。虽或见小利而动，恐难举大事耳。”李景稷亦云“毛之军势疲甚，其意只欲安座岛中，享其富贵而已。”《李朝实录》记载毛文龙“蛰居孤岛，徒事张皇，”“今则徒享富贵，无意进取。识者皆忧其终不利于中原，而为我国之深患。”即使是後来以“擅杀大帅”的罪名，参与迫害袁崇焕的王永光，也曾不得不承认：“海外之师为牵制也，有须弥岛之退，又有攻掠海州之报，以牵奴者而牵于奴，文龙伎俩已穷。”（以上转引自《袁崇焕诛毛文龙辨析》一文所引用之史料）
[b]前辽东经略熊廷弼更是直截了当地指出毛文龙酿成了奇祸[b]：“三方兵力未集，文龙发之太早，致敌恨辽人，屠戮四卫军民殆尽，灰东山之心，寒朝鲜之胆，夺河西之气，乱三方并进之谋，误属国联络之算，目为奇功，乃奇祸耳！”倒是投靠阉党的王化贞极力捧毛文龙，把毛文龙通过不服从统一调令，打乱熊廷弼的“三方布置策”以恢复失地的重大战略部署而取得的偶然胜利——镇江之捷，说成是“发踪奇功”。
不仅有关於毛文龙实力能力不足以牵制敌人，且只想割据一方，安享富贵，以及畏敌如虎、东躲西藏的指责。还有对毛文龙拥兵自重，骄横跋扈，滥杀无辜，谎报战果、欺骗朝廷等的指责。
当时的朝论也因此表现了对毛文龙的厌恶：“文龙当辽事破坏之後，从岛中收招辽人，牵制金、复、海、盖（指辽东半岛金州、复州、海州、盖州四卫之地），时时袭东，颇有功。但渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，朝论多疑而厌之者，以其握重兵，又居海岛中，莫能难也。”（夏允彝著：《幸存录》）
连崇祯帝也指责“岛帅毛文龙悬师海上，开镇有年，动以牵制为名，案验全无事实，剿降献捷，欺诳朝廷，器甲刍粮蠹耗军国。近乃部署夷汉多兵，泛舟进登声言索饷，雄行跋扈，显著逆行。”这些指责虽是在毛文龙被杀之後，但这些与诸如“通虏谋反”之类的、秘密的、没几人知道的罪名不同，都是公开的、因而大家能看得到的事情。比方说，倘若毛文龙真有过牵制满虏之事实，真没有“剿降献捷，欺诳朝廷”等逆行，那麽在毛文龙还活着的时候，朝野肯定都知道。别说崇祯帝不是弱智，就算是弱智，恐怕也不可能编造这种低级的谎言而让天下人笑话“父君”。明朝是一个极力推崇主张“君君臣臣、父父子子”的儒教，且皇帝拥有很大独裁权力的中央集权体系的朝代。若皇帝欲致人於死，找个罪名并非难事。崇祯帝要真想为袁崇焕杀毛文龙开脱责任的话，完全可以捏造其他罪名。
有些大臣因此还提出了撤销东江一镇（按某些“仇袁人士”的说法，这才是卖国贼）。例如兵部尚书阎鸣泰就以牵制後金“终属虚着”为由提出移镇的动议；如尚宝卿董茂忠“请撤文龙，治兵关宁”。
既然大明一方有这样的认识，那就没有理由断定後金没有这样的认识，没有理由断定後金把毛文龙统领的部队看作是有能力妨碍其大举进攻的威慑。
因此，袁崇焕杀毛文龙，就不是因为东江兵不能牵制後金，更不是为後金解除“後顾之忧”，而是因为东江兵为不受节制、形同军阀割据的毛文龙所统领，难起到牵制後金的应有作用；而是认为只有整饬军纪（宁远、锦州刚发生了兵变。倘若不处理毛文龙，实难服众，也难免其他将士效仿），统一军令建制，消除从前那种军令建制不统一、各指挥官之间相互牵制、内讧的情况，才能提高作战能力，才能使东江真正起到牵制後金的作用，才能有效地打击敌人。同样，後金一方未尝没有这样的认识，未尝不认为军令建制统一、上意下达才能更好的作战，“牵制”才能发挥出其应有作用。
三、袁杀毛不但没有导致毛部将叛变，反而凝聚了人心
由上亦知，後金不是把毛文龙时期的东江，而是把袁崇焕杀毛文龙，实现军令建制的统一，军纪整饬後的东江视为更大的威胁。
以下事实可为其证：第一，後金趁袁崇焕刚杀毛文龙，需要时间精力去消除朝野人士的误解，未有余力去真正实现其目标之时就突袭北京。
第二，不先利用《明史》说的“岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其後致有叛去者”，即东江内部尚未从混乱中摆脱出来的大好时机，彻底解决东江这个“後顾之忧”，以免其死灰复燃，重振士气而尾大不掉，甚至也不去诱降东江将士，以让他们一道攻击大明，或让他们配合後金军作战，牵制明军。
第三，後金试图解决东江这个“後顾之忧”，不是在毛文龙被杀之後，而是在袁崇焕被杀之後。
第四，即便是毛文龙部下，特别是其中高级部将，绝大多数都没有在毛文龙被杀之後逃跑、反乱或投敌。即使有叛乱、投降的，也都是在袁崇焕被捕或被杀之後。
《明史》以及贬袁的“仇袁人士”说袁崇焕杀毛文龙导致毛的部队叛变，为後金解除了後顾之忧，後金得以大举长途奔袭北京，袁崇焕也因此被捕下狱的说法也不完全符合事实。
事实上，毛被杀後，暂管东江事务和军队的毛部下、副将陈继盛，还有旗鼓徐敷奏、游击刘兴祚、参将沈世魁都没有叛变。刘兴祚还不顾母亲及其他骨肉亲人被後金扣作人质而与後金作战，不幸於崇祯三年春节的一次战斗中牺牲。参将沈世魁後还率军镇压了叛变，并击败了前来接应叛徒的後金军，几年後，当东江沦陷时不幸被俘殉国。陈继盛则是後来被叛徒设计害死的。就是毛文龙之子毛承祚，起初也没有叛变。毛承祚是到了崇祯五年，耿仲明、孔有德叛变後才跟从的——这事，距离後金大举长途奔袭北京已三年，袁督师也早就含冤而死了。其他叛徒，如参将刘兴治、游击耿仲明、孔有德、尚可喜等都是後来才叛变的。