袁崇焕厉声道：你道本部院是个书生，瞧我不起。本部院却是能管将官之人。你说没有罪么？你犯了十二大罪，我数给你听：

“一、明朝的制度，大将在外，必由文臣监督，你一方，军马钱粮不肯受核。二、杀戮降人难民，谎报冒功，说杀的是清兵。三、宣称如果南下，取登州和南京犹如反掌。公然说要造反。四、每岁饷银数十万，但发给兵士的粮饷每月只有三斗半，侵盗军粮。五、在皮岛开马市，擅自与外国贸易。六、部将数千名都冒称姓毛，擅自封官。七、败退时剽掠商船。八、你自己强抢良家妇女，部下效尤。九、驱策难民到辽东去偷挖人参，不肯去的就不发粮食，让他们大批在岛上饿死。十、将大量金银送去京师贿赂，拜魏忠贤为义父，在岛上替魏忠贤塑像。十一、铁山一仗，大败丧师，却报称有功。十二、设立军区已达八年，不能恢复寸土，观望养敌。”

这十二条罪状数了出来，毛文龙魂不附体，只有叩头求饶。

袁崇焕问毛的部将：“毛文龙该斩么？”诸将都吓得不敢作声。有人说毛文龙这些年来虽无功劳，但也辛苦出力。袁崇焕叱道：“毛文龙本来只不过是个寻常百姓，现今官居极品，满门封荫，已足够酬答他的辛劳了，为什么他还这样悖逆？”

于是向着北京叩头，宣称：“臣今天诛毛文龙以整肃军纪，诸将中若有行为如毛文龙的，也一概处决。臣如不能成功，请皇上也像诛毛文龙一样的处决臣！”请出尚方剑来，命旗牌官将毛文龙在帐前斩决，向毛文龙部属谕示：“只诛毛文龙一人，其余各人一概无罪。”毛文龙麾下将士无一敢动。袁崇焕命人收殓毛文龙，次日开吊拜奠，说：“昨日斩你，是为了朝廷。今日祭你，是为了僚友私情。”

随即将毛部分为四队，派毛文龙的儿子毛承禄、副将陈继盛（陈的女儿是毛文龙之妾）等四人分领，犒赏军士，尽除皮岛毛文龙的虐政。回宁远后上奏禀报，最后说：毛文龙是大将，不是臣有权可以擅自诛杀的。臣犯了死罪，谨候皇上惩处。[8]

崇祯得讯，大吃一惊，非常不以为然。但想毛文龙已经死了，目前又正倚赖袁崇焕尽力，只得下旨嘉奖他一番，又下旨公布毛文龙的罪状，逮捕毛文龙的驻京办事处主任，以安袁崇焕之心。[9]

袁崇焕耽心毛文龙的部下生变，奏请增加饷银。但查核部队实数，兵员比毛文龙虚报时少得多了。崇祯见兵员少了，饷银反增，颇为怀疑，但都一一批准。以崇祯这样刚强的性格，这时迫于形势而不敢得罪袁崇焕，实已深深伏下了杀机。

毛文龙在皮岛，俨然是独立为王的模样，不接受朝廷派文官监察核数、滥杀难民冒功、侵吞军粮、军纪不肃，的确有罪。但袁崇焕以尚方剑斩他的方式，却也未免太戏剧化了些。明朝赐尚方剑给主帅，用意是给主帅以绝对权威，部将如不听指挥，立即可以诛杀。然而毛文龙的罪行都非紧急，也不是反叛作乱。何况毛文龙也是受赐尚方剑的。

毛文龙在皮岛，毕竟曾屡次出兵，骚扰满清后方，是当时海上惟一的一支机动游击队，满清对他也一直颇为重视忌惮。