尽管缺乏准确的统计数据，但从史料记载说明，当时的大瘟疫，势态极其严重，北京城死亡率大约为40，甚至更多！

到了死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收殓的地步。

得知是鼠疫，朱慈烺哪里还敢往上凑，急急带上随行太医准备的口罩等物离开了军营。

回到中都禁垣，朱慈烺立即召集凤阳城中所有将官议事，启动紧急预案。

朱慈烺先是询问了解了一番前线将士的情况，高热呕吐之人是否多？杨御蕃不敢隐瞒，一一回答。

好在安武军中的医疗兵意识到了瘟疫有着极强的传染性，早在军中对感上瘟疫的士兵进行了隔离。

这种预防瘟疫的措施是中国古代行军中常见的方式，事实证明也很有效，否则一支军队只要有一人感染鼠疫，就会自动全军覆没了。

朱慈烺当即下令，前线的安武军全面筛查，对感染鼠疫的士兵进行强制隔离。

他依旧不放心，又从天雄军调了五千人马作为防疫兵，开赴前线防疫，敢有不听安排违抗命令者，一律格杀勿论！

凤阳府境内的所有《皇明时报》分社全力印刷宣传防御鼠疫之事，同时还登载了吴又可所写的《瘟疫论》。

崇祯十年时，凤阳府设立的环卫部门立时投入了运作，对凤阳府进行了全面的大扫除，大规模消灭老鼠，焚烧深埋。

凤阳府是朱慈烺最早的地盘，无论建设还是组织力度，都是非常不错的，如今皇太子亲临凤阳，又亲自发出告示，日子渐渐变好的百姓们自然积极响应。

一时间，整个凤阳府各大街小巷全部行动了起来，一个个带着口罩的军人或是百姓，清理垃圾并沿街撒着石灰。

二月底，江南各省开始上报，言当地出现了鼠疫患者，朱慈烺急急返回南京，主持大局。

途中，他命人以八百里加急传召各地巡抚，还有吴又可等名医入京，商议防疫诸事。

一回到南京，朱慈烺便召开了朝会，当庭成立环卫部，破格任命吴又可为尚书，主管防疫。