后来，朱安世果然被捕成功，却在狱中上书诬告公孙敬声与阳石公主私通，以及行巫蛊诅咒天子之事，武帝知晓之后大为震怒，令有司深查公孙贺所犯罪过。抓捕丞相公孙贺，并冠以公孙贺兴利弟子宾客不顾黎民死活等多条罪名，公孙贺父子竟然冤死狱中。

自此，太子刘据在朝堂之上，再无外家。

然而，此事却远未结束，涿郡铁官铸铁的时候，铁水熔化飞溅天空，后世所兴谶纬之学，认为这是火发生了变异，天下将有大难。

一场毫无预兆的风灾，在摧毁房屋折断树木的同时，也掀开了一场大难的序幕。诸邑公主、阳石公主坐巫蛊之罪处死，卫青之子卫伉及卫长公主之子曹宗，亦在连坐之内。

此时，宠臣江充因与太子有隙，害怕武帝死后被新帝诛杀，故而欲构陷太子为先，即妄言武帝生病是因为有人行巫蛊诅咒天子。

于是，武帝命江充为使者治巫蛊之案，江充指挥巫师四处掘地寻找木偶人，但凡挖到就逮捕周围的人，并以炮烙之酷刑逼供认罪，百姓惶恐之余相互诬告，以此罪冤死者前后共计数万人。

汉武帝年迈，愈加相信巫蛊之事，江充趁机说宫中有巫蛊之气，以致天子之病久不见好。于是，开始查办后宫中不受宠幸的夫人，随后又查到皇后卫子夫的椒房殿，将整个禁中的御座毁地面掘开以后，仍一无所获。江充终是将铁楸挖到了太子东宫，在按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文的帮助下，得到了桐木人偶。

太子刘据欲往甘泉行宫辩白，却遭江充等人限制，无法向武帝辩明情况，情急之下又无上策，便听从少傅石德之计，将江充缉拿，并斩杀韩说。

而协助江充办理此案的御史章赣逃出，去往甘泉行宫见武帝，因太子能指挥到的车马有限，刘据在决定起兵后，派舍人持节连夜入长秋门报卫皇后。卫子夫同意刘据调用皇后的中厩车架，取武库兵器，调长乐宫卫队，并以奸臣造反的名义征兵，与江充等人在长安城中展开激战，终于杀死了江充，并于上林苑烧死胡巫师。

刘据起兵后，武帝认为太子一定是受到了江充等人的陷害才这样做，便派遣使者入长安探查。使者却因胆怯未敢入城，对武帝谎称太子造反要杀自己，武帝大怒，派左丞相刘屈氂发兵讨逆，更发三辅附近郡县之兵，及二千石以下官吏皆归刘屈氂统领。

刘据见刘屈氂的兵卒越来越多，亦开长安官狱放囚徒以充军，并派使者如侯持符节，去调动长安附近长水和宣曲两地的胡人骑兵，命令他们全副武装之后前来会师。

然而，武帝派遣的使者侍郎莽通赶到，告知长水校尉说太子的符节是假的，并斩杀如侯，亲自引长水宣曲胡骑入长安。而后，护北军使者任安虽接太子发兵符节，却作壁上观。

因此，太子刘据所率兵卒与丞相的兵卒数量差距越来越大，混战五日后，血流入渠，尸骸遍地，死者数万人，太子不敌，战败出奔。

太子得丞相司直田仁之助，于覆盎门逃出长安，隐匿于湖县。武帝诏遣宗正刘长乐、执金吾刘敢奉策收回卫子夫的皇后玺绶，卫子夫因无以解释自己的行为，以死明志，自杀身亡。黄门苏文、姚定汉置之公车令空舍，盛以小棺，将卫皇后葬在长安城南桐柏亭。